Kondisi lingkungan yang bervariasi menyebabkan terbentuknya zonasi vegetasi mangrove yang berlapis-lapis, mulai bagian terluar yang sering terkena ombak laut dan gelombang laut serta bagian yang relatif kering di pedalaman. Penelitian tumbuhan berpotensi dilakukan pada tahun 2005, di pulau Kotok dan pulau Rambut yang mewakili vegetasi hutan bakau di Kepulauan Seribu. Pengambilan data menggunakan meta de plot atau petak cuplikan, sedangkan pengukuran keanekaragaman tumbuhan dengan metode sampling. Setiap jenis tumbuh-tumbuhan yang ditemukan dicatat nama daerahnya dan diidentifikasi di Herbarium Bogoriense, Bogar. Jenis tumbuhan bakau putih (Rhizophora api culata) sering ditemukan diatas tanah berlumpur dipulau Rambut dan Pulau Kotok. Sedangkan Bakau Kecil (R. stylosa) banyak ditemukan di tanah pasir berlumpur, di bagian laut yang lebih tenang hidup tumbuhan api-api (Avicenia marina) merupakan tanaman pionir. Di daerah yang masih mempunyai air pasang cukup tinggi ditemukan tanaman jeruk kingkit (Triphasia trifolia). Di pedalaman hutan P. Rambut ditemukan bola-bola (Xylocarpus malucenccis) dan kayu buta-buta (Excoecaria agalloca). Jenis mangrove sejati yang hidup terbatas merupakan penyusun utama di P. Rambut dan P. Kotok adalah tumbuhan api-api (Avicenia alba) dan bakung (Crinum asiaticum L.). Sedangkan penyusun minomya adalah kayu buta-buta (Excoecaria agalloca) dan bolabola (Xylocarpus malucenccis). Ditemukan 43 jenis tumbuhan liar di P. Kotok dan P. Rambut, nilai guna dan manfaat tumbuhan yang berpotensi sebagai penangkap ikan dan tanaman hias masing-masing 5%, peneduh 8%, perkakas rumah tangga 12%, perabot rumah tangga 20%, kayu bakar 30%, bahan baku insektisida 40% dan tumbuhan obat sekitar 78%. Diantara tumbuhan tersebut ada yang bermanfaat ganda, satu jenis tumbuhan bermanfaat sebagai tanaman obat , insektisida dan sebagai sayuran.
