Resistensi terhadap agen kemoterapi merupakan penyebab utama kekambuhan pada pasien kanker. Hal ini dipicu oleh adanya cancer stem cells (CSCs) yang menyebabkan peningkatan angka kematian pada pasien kanker. Diferensiasi CSCs diatur oleh enzim aldehyde dehydrogenase (ALDH). Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji potensi ekstrak etanolik temu kunci (Boesenbergia pandurata) (ETK) untuk menghambat aktivitas ALDH yang berperan sebagai penanda pada CSCs. Rimpang Boesenbergia pandurata diekstraksi menggunakan etanol dengan metode maserasi selama 54 jam. Setelah filtrasi, dilakukan remaserasi dengan prosedur yang sama dan pelarut diuapkan. Analisis fitokimia ETK dilakukan dengan kromatografi lapis tipis (KLT) (n-heksana: etil asetat (4: 1)) dan setelahnya disemprot dengan sitroborat. Efek sitotoksik ETK pada sel kanker payudara 4T1 dikaji dengan MTT assay, efek ETK pada aktivitas ALDH dikaji melalui ALDH activity assay, dan interaksi antara cardamonin sebagai senyawa utama dalam ETK dan ALDH dikaji melalui molecular docking. Proses ekstraksi menghasilkan ETK dengan rendemen sebesar 7,8%. Hasil uji KLT menunjukkan bahwa ETK mengandung senyawa golongan chalcone. ETK menunjukkan potensi sitotoksik pada sel 4T1 (nilai IC50 23 μg/mL). Selain itu, ETK mampu menghambat aktivitas enzim ALDH pada konsentrasi 5 μg/mL. Selanjutnya, hasil molecular docking menunjukkan adanya interaksi yang lemah antara cardamonin dan ALDH, dibandingkan dengan native ligand ALDH. Meskipun demikian, cardamonin menunjukkan potensi untuk bersaing dengan native ligand karena adanya kesamaan residu asam amino yang berinteraksi dengan ALDH. ETK berpotensi untuk dikembangkan sebagai terapi pengobatan tertarget CSCs melalui penghambatan aktivitas enzim ALDH.